台湾本土疫情严峻，全台进入三级警戒将满一个月，台湾地区前领导人马英九6月17日在脸书针对当前疫情状况发文。马英九呼吁蔡英文尽速让全民都打得到他们想要的疫苗，不要因意识形态刁难或封杀民间引进疫苗，“等疫情平稳，因为轻忽、傲慢、说谎、卸责，造成民众痛苦，该检讨、该负责的人，绝对要付出应有的代价”。

马英九表示，他每天看着许多人无助地在家等待，有人失去挚爱的家人，有人因无法外出、三餐都成问题，心里非常难过。当多数民众打不到疫苗，等不到纾困，当民众最需要政府的时候，他希望蔡英文能听到这些基层的声音，尽到最基本的职责，帮助每一位需要“政府”的民众。

“目前疫情进入关键期，根本之道，政府要以民为本，尽速让全民都打得到他们想要的疫苗。”马英九说，有民间团体希望引进经过国际认证的疫苗，“政府”应该要排除障碍，给予便利，不要因为意识形态，刻意刁难或封杀。

他表示，现在台湾每一天确诊、死亡数都还在增加，死亡率3.56%，远超过全球平均值，“政府”和民众都绝不能松懈。病毒影响了每个人的生活，但我们不能被击垮，在疫情艰困的时候，更需要沉着以对。

马英九还称，等疫情平稳，因为轻忽、傲慢、说谎、卸责，造成民众痛苦，该检讨、该负责的人，绝对要付出应有的代价。“不要忘记，尔俸尔禄，民脂民膏，下民易虐，上天难欺。”他说，民众的眼睛是雪亮的，心情是愤怒的。希望尽早见到曙光，全民恢复往日的正常生活。

根据疫情指挥中心6月16日公布的消息，截至16日，台湾累计确诊13409例，确诊病例中478例死亡。

因应严峻的本土疫情，台湾流行疫情指挥中心指挥官陈时中于5月19日在记者会上宣布，全台防疫警戒进入第三级。6月7日，疫情指挥中心再次延长第三级疫情警戒管制期至6月28日。